En 1678, le cimetière est totalement désaffecté et l'emplacement est utilisé pour l'instruction des ''Enfants bleus''.
En 1843 le terrain est fouillé et les ossements sont transportés aux [[Catacombes de Paris|Catacombes]] pour laisser place à la cour du Commerce dans l'[[enclos de la Trinité]] qui a disparu avec l'ouverture en 1857, 1858 et 1859, du [[boulevard de Sébastopol]] et la [[rue de Palestro]].