En 1732 la chapelle est construite par l'architecte Robert de Cotte. Pendant la révolution elle est transformée en salle d'enseignement de la médecine, et une nouvelle façade est construite par Nicolas-Marie Clavereau.
Elle deviendra l'amphithéâtre de l'école de clinique, puis le siège de l'[[Académie de Médecine]].
Au début du XX{{e}} siècle l'hôpital est détruit, mais pas la chapelle.